治療賁門的藥物最主要的是質子泵抑制劑、胃腸道動力藥物以及黏膜保護劑。賁門炎主要還是因為飲食生活習慣，或者是不適當藥物的使用，引起胃酸的反流。在長期胃酸的反流刺激下，造成賁門口的炎癥，可以看到賁門口的炎癥增生性息肉，也可以看到齒狀線上已引起的反流性食管炎。1、質子泵抑制劑：臨床上常用的就是奧美拉唑、雷貝拉唑這類拉唑類的藥物。通過使用抑制胃酸的藥物，降低胃內胃酸的濃度，減少強胃酸對于賁門口的黏膜以及食管下段黏膜的損傷，從而達到治療賁門炎的效果；2、胃腸道動力藥物：肥胖、便秘以及胃部的疾病引起的排空障礙，導致胃酸的潴留。這類患者可以加用胃腸道的動力藥物，像臨床上用的比較多的全腸道動力藥物有莫沙必利，能夠達到促進胃和腸的快速排空的作用，從而減輕胃酸對于局部胃黏膜的損傷；3、黏膜保護劑：臨床上還用一些黏膜保護劑，像鋁碳酸鎂、硫糖鋁這類的藥物。通過附著在炎癥黏膜上，起到進一步的加快黏膜修復的作用。