肛周膿腫切開排膿或者自潰都會形成肛瘺，此為并發癥而不是后遺癥。肛周膿腫手術以后如果能夠正確找到感染病灶，即肛門腺腺體，可以不形成肛瘺，可將膿腫、肛瘺一次性切除術。可能會產生的并發癥如下： 1、如果膿腫很深，破壞更多肛門括約肌，可以引起肛門不全失禁或者完全性失禁。因為肛門括約肌的主要機能是控制自主排便，如果手術掌握不好，手術當中切斷過多括約肌，臨床會產生并發癥或后遺癥； 2、如果膿腫比較大，損傷組織比較多，特別是括約肌、肛管組織，雖然沒有導致肛門失禁，但可以導致肛門局部流黏液，肛門關閉不全； 3、膿腫切除以后沒有正確找到原發病灶，存在繼發感染的過程，因此切口經久不愈或者由于不愈合，常局部有滲透液或者血水流出。 因此治療肛瘺或者肛周膿腫最主要的是找到原發病灶，才能徹底治愈。