自閉癥的病因目前不是很清楚，現有的已知資料表明，自閉癥與遺傳和腦損傷有關，對于遺傳方式不是很清楚，并不是某個家族里有過自閉的孩子，就會再有另外一個，是不一定的。自閉癥的遺傳方式很復雜，應該屬于多基因遺傳，另外，可能與腦損傷有關，比如腦缺血缺氧、新生兒期窒息、肺炎、癲癇、腦內重要物質代謝異常，也會導致腦損害。有些孩子是兩者兼有，有些孩子只有其一，也許還有其他原因，但目前不是很清楚。但是，自閉癥不是與字面意思有關，并不是孩子的教導和養育中說話少、陪伴少，或者喜歡自己玩導致的。