臨床上沒有小開窗髓核摘除危害，而是小開窗髓核摘除手術風險、并發癥，常見手術風險、并發癥包括開窗過程中損傷神經、脊髓，或者手術后存在腰椎間盤突出復發風險，手術過程中存在傷口感染相應常見手術后并發癥。小開窗髓核摘除手術是一個微創手術，亦是對腰椎間盤突出初發者或者年輕患者一種較好選擇。隨著現在手術技術提高有更新手術方案，通過不開窗方式進行髓核摘除，即椎間孔鏡手術技術，通過經皮穿刺到達突出髓核部位。采用髓核在顯微鏡下或者在孔鏡下，將突出髓核組織給予摘除，避免將椎板上骨性結構進行小的開窗，從而保留更完整的神經椎管保護通道，實現更加微創的手術方式，跟目前椎間孔鏡技術一樣屬于微創手術中的一種，但相對微創手術里面的椎間孔技術對骨骼破壞更大。與傳統手術相比，這兩個手術都屬于一種微創手術的方式。小開窗髓核摘除手術，是針對年輕患者或者初次患者的腰椎間盤突出比較好的手術方式選擇。