新型冠狀病毒性結膜炎，和普通的病毒性結膜炎，差別并不是太大，主要區別在于呼吸道的癥狀。新型冠狀病毒性結膜炎主要表現有疼痛、眼睛充血、流淚以及水樣的分泌物，同時合并有發熱、淋巴結腫大以及上呼吸道癥狀，比如咳嗽、胸悶、窒息，這些肺部感染的一些癥狀。其在臨床上的處理，跟病毒性結膜炎基本用藥一致，只是再增加傳染病的防護問題。臨床上使用的藥物包括有抗病毒的眼藥水，例如更昔洛韋眼用凝膠，同時聯合使用抗菌素類滴眼液，比如妥布霉素滴眼液、加替沙星滴眼液、氧氟沙星滴眼液、夫西地酸滴眼液。同時聯合眼表修復劑，比如堿性成纖維細胞生長因子滴眼液、人表皮生長因子滴眼液，或者再聯合人工淚液、玻璃酸鈉滴眼液。對于新型冠狀病毒性結膜炎，由于眼表的疼痛和充血比較嚴重，也就是意味著眼表的結膜血管擴張、炎癥介質的釋放非常明顯。因此，可以聯合使用非甾體類消炎藥，比如普拉洛芬滴眼液、色甘酸鈉滴眼液。新型冠狀病毒性結膜炎和普通的病毒性結膜炎，除呼吸道癥狀比較重以外，其他并無明顯差異。