克林霉素甲硝唑通常在臨床上使用的是它的外用搽劑，主要用于皮膚的感染，副作用也主要是表現在局部。比如有可能導致患者出現皮膚刺激感、皮膚瘙癢，甚至嚴重的患者可能會出現紅腫，但發生的概率并不高，僅在個別的患者中出現。如果出現這些情況建議患者及時停止使用，并且將局部的藥物洗凈，嚴重時應該向醫生進行咨詢。另外克林霉素甲硝唑外用的搽劑不能夠涂抹于眼部以及皮膚破潰的嚴重處和黏膜組織，對于孕婦、哺乳期婦女也不推薦使用，因為它對這方面特殊人群的研究，還是有一定的局限性。總之克林霉素甲硝唑外用制劑的副作用主要表現在局部，通常沒有全身的副作用。