灰指甲是指甲的真菌感染，指甲營養不良指的是指甲生長發育方面各種不正常，造成指甲凹凸不平、指甲萎縮，指甲營養不良跟灰指甲有差異。指甲營養不良、萎縮、凹凸不平分離時，如果繼發真菌感染，甲營養不良和灰指甲同時存在，很多時候僅僅是指甲營養不良。 最簡單的檢查是把指甲刮碎屑，在顯微鏡下做檢查，看有沒有真菌存在。如果有真菌存在，是繼發真菌感染，同時合并了灰指甲。如果沒有真菌存在時，不一定是灰指甲，這時最好對患者進行全身皮膚檢查，看是否有濕疹、銀屑病、扁平苔蘚等方面的問題，這時會造成指甲營養不良。還可以做指甲病理檢查，把指甲切一小部分，在顯微鏡下染色以后看是否正常、有沒有真菌存在，才能判斷是否為灰指甲。