潰瘍性結腸炎的患者如果5年控制不良，長期腹瀉會導致胃腸功能下降，營養狀態差則會引起體重減退、體力下降，影響患者生活質量。 大部分潰瘍性結腸炎患者屬于輕中型，如果長期維持緩解，預后較為理想。如果不能堅持服用藥物，病情呈慢性化，反復發作狀態時，急性爆發時伴有并發癥的患者以及老年患者預后相對較差。慢性持續活動或反復頻繁發作預后較差可能會引起直腸乙狀結腸癌，多見于病變范圍廣，例如全結腸型或病程長的患者，結腸癌風險率比正常人要高，可以危及生命。結腸癌多發生于靜止期，此時由于便血和腹瀉認為屬于炎癥復發，因此明確診斷較晚，延遲診斷以后預后較差。 潰瘍性結腸炎癌變對于病程8-10年以上的長期患者，病變范圍較廣泛或全結腸炎以及病程在30-40年以上，局限性左半結腸炎、直腸乙狀結腸炎患者應當進行監測。結腸鏡檢查至少要每兩年進行一次，應該進行多部位活檢。當組織出現異常增生，例如不典型增生，患者需要更加密切的短期內隨訪，重度異型增生如果可以確診，則應進行手術治療。