肛瘺產生的原因主要有以下幾方面： 1、最主要為局部肛門周圍膿腫，破潰或肛周膿腫進行切排手術后形成肛瘺； 2、部分人反復肛裂愈合會形成假性愈合，即表面黏膜長好，但黏膜下還為空洞，形成皮下瘺、淺瘺管； 3、肛門直腸損傷，可由外傷引起，也可由食物引起。臨床上有時可見到誤食牙簽，牙簽排到肛門，嵌頓在肛門內口而形成膿腫、感染。部分患者吃了魚類，魚刺誤食后堵在肛門，從而形成膿腫，膿腫形成后，慢慢會形成肛瘺； 4、會陰部手術，如內痔注射術，感染后形成肛周膿腫，膿腫慢慢會形成肛瘺。產傷時會陰撕裂，縫合后出現感染，導致肛周膿腫，在膿腫晚期或膿腫后期也會形成肛瘺。