系統性紅斑狼瘡患者最常損害的部位主要包括皮膚和黏膜，約80%的患者在系統性紅斑狼瘡病程中都會出現皮疹，這些皮疹包括全部呈蝶形分布的紅斑、盤狀紅斑，跖掌部、甲周部紅斑，另外口腔與鼻腔黏膜可以出現潰瘍，頭皮可以出現脫發等情況。除了這些皮膚黏膜以外，比較重要的臟器受累部位是腎臟，有報道顯示在系統性紅斑狼瘡患者的病程中，30%-70%的患者可能出現腎臟受累的情況。根據有腎穿結果的研究顯示，大概100%的患者都可能會出現狼瘡性腎臟的損傷。狼瘡出現腎損害主要的臨床表現是蛋白尿、血尿、管型尿等，還有水腫、高血壓，乃至腎功能不全的情況出現。有部分患者在腎臟受累時無明顯臨床表現，只是在檢查尿常規時發現有鏡下血尿，或有少量蛋白尿。腎臟是系統性紅斑狼瘡比較常見的重要臟器受累的部位。