具體來說，目前基本公認肛瘺是肛腺感染病灶所致。肛瘺的發生原因主要是肛管內肛腺感染，腹瀉患者即大便次數過多的患者，得肛管內肛腺感染的機會更多，但是也不是大便正常的人就不會得。人體有肛腺結構就有得肛瘺的機會，一旦出現肛周膿腫、肛瘺，患者應該及時到正規醫院處理。 男性和女性導致肛瘺的原因、發病機制相同，但是男性肛周膿腫、肛瘺發病率要遠高于女性，可能與男性激素的分泌有關系。肛瘺發病原因主要在于肛管的齒線有隱窩，隱窩類似布口袋，袋口朝上。隱窩內部有肛腺開口，肛腺感染以后會成形成感染性病灶，穿過括約肌間隙以后形成原發性膿腔，再沿著原發性膿腔向四周擴散，形成各種類型的竇道，比如高位復雜肛瘺、低位單純性肛瘺等很多類型的肛瘺。