自免肝，通常指自身免疫性肝炎(AIH)。確診自身免疫性肝炎的金標準是肝臟組織病理學的檢查，通過肝穿肝組織病理可以發現浸潤性炎癥，可以看到匯管區大量的炎癥細胞浸潤，在浸潤的炎癥細胞里可以發現大量的漿細胞。尤其是漿細胞的明顯增多，是診斷自身免疫性肝炎非常強有力的證據。浸潤性炎癥非常明顯的表現，是肝細胞由于急性改變，可形成如同玫瑰花結樣的一團組織。穿入現象也是很重要的表現， CD8陽性的T淋巴細胞可以穿入到肝細胞內，在肝細胞漿內發現這樣的T淋巴細胞，對診斷AIH非常有利。認真檢查或者做雙重的免疫組化，通過病理檢查可以發現穿入現象，還要結合肝臟功能的改變和肝臟自身抗體的檢查，根據評分系統做評分，根據評分再結合臨床表現，可以做出臨床診斷，但是確診的金標準依然是肝臟組織病理學的改變。