自免肝確診的指標，要根據多項的結果綜合判定，具體如下：1、肝功能：如果是自身免疫性肝炎，一般會導致肝細胞反復損害、轉氨酶持續異常，包含了谷丙轉氨酶和谷草轉氨酶。如果是原發性膽汁性膽管炎，此情況通常合并堿性磷酸酶以及γ-GT的升高。到達進展期的時候，還會引起膽紅素的進一步升高。而原發性硬化性膽管炎也會導致相應的升高；2、免疫指標：包含了抗核抗體、抗線粒體抗體、抗平滑肌抗體等，上述指標可能呈現陽性，同時IgG、IgM的抗體水平也會明顯升高。所以針對上述抗體的檢查，可以作為有效的輔助診斷措施；3、影像學檢查：影像學檢查能夠有效地排除是否有其他的原因所導致的肝臟出現異常，如因為肝硬化或者其他的原因，如病毒肝等；4、肝穿刺活檢：最能確定的診斷就是肝穿刺活檢，能夠取得相應的組織病理，最終能夠用于確診自免肝。