自免肝如果沒有引起肝細胞破壞，轉氨酶可能正常。如果自免肝是活動性肝炎引起的轉氨酶升高，超出正常范圍可以稱為肝炎。如果自免肝活動非常嚴重，引起大量的肝細胞破壞，轉氨酶可能升高明顯，可能幾倍甚至10倍的升高。自免肝只要沒有出現肝炎活動，沒有出現大量的肝細胞破壞，有可能轉氨酶是正常的。如果出現大量的肝細胞破壞，轉氨酶會數倍、成倍，甚至10倍升高，臨床也不少見。自免肝如果出現轉氨酶升高，意味著肝細胞破壞，需要針對性治療。如抑制自身免疫反應，并給予降轉氨酶的藥物。自免肝主要是自身產生針對自身的抗體，最主要的治療辦法是抑制自身免疫反應，配合降轉氨酶的藥物進行治療。