扁桃體結石的病因和發病機制目前并不十分清楚，但是普遍認為和扁桃體的慢性炎癥以及扁桃體腺窩腺體的堵塞有關系。因為長期的慢性炎癥和扁桃體腺窩阻塞以后，就會形成含有大量鈣物質的結石，并且在這結石里面又發現含有許多的細菌和其他的細胞形態。所以對于慢性扁桃體結石，和扁桃體慢性炎癥關系很大。出現扁桃體結石時，如果結石非常少可以用淡鹽水漱口，并且保持口腔的清潔濕潤，這樣結石會逐漸減少。但是如果結石比較多，已經在雙側扁桃體上面覆蓋的比較多，并且經過清理以后還長得比較頻繁，就需要進行扁桃體的切除手術才可以根治。