自身免疫性腦炎的治療方案是一線治療，一線治療經?？梢赃x擇的糖皮質激素治療、血漿置換，以及靜注人免疫球蛋白治療，是最常用于自身性免疫性腦炎的治療。如果一線免疫治療效果不佳，患者可以考慮二線自身免疫性腦炎治療，二線治療可以選用藥物是利妥昔單抗和硫唑嘌呤。部分復發患者可能需要長程免疫治療，需要使用嗎替麥考酚酯或者硫唑嘌呤。此外，自身免疫性腦炎患者常伴有癲癇，癲癇患者可以考慮使用抗癲癇藥物治療，比如左乙拉西坦等。對于有精神癥狀的自身免疫性腦炎患者，要選擇一定的藥物治療其精神癥狀，尤其是抗NMDA(N-甲基-D-天冬氨酸)的自身免疫性腦炎患者，要注意檢查患者是否有畸胎瘤。如果合并有畸胎瘤，對畸胎瘤的腫瘤切除也是較重要的治療方法。