新型冠狀病毒感染時會引起扁桃體腫大，通常是繼發性腫大。新型冠狀病毒侵入人體時，是從鼻腔、咽腔感染后，往下行進入氣管和肺，從而擴散至全身。由于扁桃體在咽腔，因此感染咽腔時，首先侵入咽腔黏膜和扁桃體濾泡，感染后會引起繼發性扁桃體炎，同時病毒本身也會引起扁桃體發炎，因此部分病人會出現咽腔扁桃體腫大，但并非所有病人。患者既往有慢性咽炎、慢性扁桃體炎等疾病，簡單的病毒感染則會誘發扁桃體發炎，此類患者感染新型冠狀病毒時一定會出現扁桃體發炎。另外部分患者是全身炎癥綜合征，即出現大白肺、呼吸困難、呼吸衰竭等情況，此類患者扁桃體大多數也會出現時間性腫大，但也不絕對。若部分患者平常抵抗力較強，感染后屬于無癥狀感染者，嗓子、鼻子未見不適，此類患者即便感染，扁桃體、咽腔也不會出現發炎及不適。