肛周膿腫手術時間根據其手術難度有所不同：1、簡單手術：部分比較簡單的手術可能5-10分鐘就能完成，簡單的肛膿腫手術僅予以表面切開，膿液釋放、清潔膿腔、放置流紗條即可；2、復雜手術：部分肛周膿腫手術非常復雜，可能需要0.5-1個小時才能結束，手術中需要尋找病原。多數肛周膿腫是由于肛門括約肌之間的肛隱窩腺體感染，肛隱窩腺的感染病灶在肛門內，如果肛周膿腫繼發肛瘺，其內口在肛隱窩腺處，有時需要在肛周膿腫手術中尋找肛隱窩腺的內口位置，如果能找到內口則需進行肛瘺手術。有時尋找內口比較繁雜、困難，此時手術時間則較長，還有少數病人膿腫位置較高，并不是很表淺且肛周膿腫外觀看不到紅、腫、熱、痛等表現，位置是高位甚至在肛直肌以上，此時操作非常復雜。