腎結石感染可以用在尿路里濃度較高的抗生素，如頭孢類、氧氟沙星類抗生素，對泌尿系感染效果比較好，而且對腎臟的損害也不大。如果應用對腎臟有損害的藥物，可能會加重腎的損傷。腎結石除需服用消炎藥以外，還要盡快解除尿路梗阻，可以用清熱、利尿的中成藥幫助結石排出，也有消炎作用。腎結石通常只在梗阻的情況下堵住尿道，堵住輸尿管引起腎積水，腎積水容易出現炎癥，炎癥又容易加重結石形成。所以結石、梗阻、積水通常相互促進，當積水達到一定程度排不出來，就容易誘發感染。