肛瘺單純性的出血很少見，肛瘺通常是出現溶血性物質，在外口擠壓，特別是在肛瘺形成初期，會出現溶血性的物質，而且內口通過肛門進入探查或者通過探針探查時，可能觀察到糜爛紅點。 若肛瘺出現出血、便血的情況，建議患者做腸鏡檢查，在看到糜爛點的位置提取病理，確認除肛瘺出血外，是否存在痔瘡出血或腸道潰瘍、黏膜壞死出血，肛瘺出血只是提醒醫生注意，排查除肛瘺之外的其它疾病。