肛瘺是跟肛門相關的一種肛門周圍的慢性炎癥性疾病，多數情況下來自于肛周膿腫，也就是說肛周膿腫是肛門周圍的一種急性炎癥性疾病。肛周膿腫的主要原因是肛門內肛隱窩腺感染，向周圍侵襲導致肛門周圍組織感染化膿，形成膿腫，這是一種常見原因。肛周膿腫還有一種原因是肛門周圍皮膚細菌侵襲引起感染，無論是哪種學說都是肛門周圍組織的感染。其部位分為四類，肛門周圍的天然腔隙或皮下淺表膿腫，或坐骨直腸窩，即肛門與坐骨之間的感染，還有骨盆直腸腔隙的感染，以及直腸黏膜下膿腫。膿腫破潰后膿液流出，形成慢性炎癥，即肛瘺。主要表現是肛門里，也就是肛門腺位置有一個內口，肛門外面的皮膚上有一個外口，內口和外口之間有一個潛在的腔隙相連，肛門里頭的直腸分泌物等能從內口進入到瘺管，這種內外口相連組織就叫瘺管。因此肛瘺會包括一個肛門里的內口，肛門外的外口，內口之間叫肛瘺管，這個瘺管有時能摸到，有時手摸不到。特殊情況下可能沒有外口只有內口，還有可能只有外口沒有內口，典型的就是有內口和外口，還有皮下瘺管。臨床表現是反復流膿，從外口或內口反復流出膿血，疼痛并不是很明顯。