扁桃體切除手術是耳鼻喉科最基本、最簡單的手術，但也存在一定風險。手術治療一般推薦不在急性期做，一般要等孩子咽痛癥狀完全消退以后至少2周以上，再考慮做扁桃體摘除手術。 通常也有一些手術適應癥，如1年內孩子扁桃體炎反復發作超過7次或者更多；2年內每年發作扁桃體發炎達到5次以上；3年內每年扁桃體發作超過3次。如果患者并發有扁桃體周圍膿腫，還有白喉帶菌者經保守治療無效，或者是有不明原因的低熱或扁桃體源性疾病。如伴有扁桃體炎的急性腎盂腎炎或者關節炎出現，還有其它的如扁桃體角化癥或有腫瘤都是手術指征。