胚胎停育大多數是發生在妊娠12周以內，尤其是以妊娠8-9周比較常見。通常在女性月經周期正常的情況下，在月經過期1周，即可通過尿妊娠試紙，檢測出懷孕，可以通過超聲看到宮腔內的妊娠囊。再過1-2周，即懷孕8-9周時，可以通過超聲看到胎心搏動以及胎芽存在，從而可以證明目前胚胎發育水平良好，沒有發生胚胎停育。如果在懷孕8-9周，超聲檢查未看到胎芽和胎心，或者只是空囊存在，則可能是發生胚胎停育。不排除部分女性的月經周期較長，可能40-50天，甚至2個月才來一次月經。這種情況即使在懷孕8周時沒有看到胎芽、胎心，仍不能確定是胚胎停育，建議1-2周后再做一次超聲檢查，進行確認。如果仍沒有胎芽和胎心活動，或者胚胎根本沒有發育，則診斷為胚胎停育。絕大多數胚胎停育是發生在懷孕12周以內，但目前發現也有在懷孕16周左右出現胚胎停育，這種情況通常與自身免疫性疾病等異常情況有關，需要進行進一步檢查。