克羅恩病治療方案的選擇需全面評估病情。治療前先檢查患者有無全身或局部感染。對于使用全身作用的激素、免疫抑制劑或生物制劑的患者，需在治療過程中根據反應及對藥物耐受情況隨時調整方案。決定治療方案前需向患者詳細解釋治療方案的效益和風險，充分交流并取得合作后方可實施。 輕度克羅恩病活動期的治療原則為控制或減輕癥狀，盡量減少藥物對患者造成的損傷。氨基水楊酸制劑適用于結腸型、回腸型和回結腸型的克羅恩病的患者；而對于中度克羅恩病患者最常用治療藥物是激素，若激素無效或激素依賴，則需加用免疫抑制劑；重度克羅恩病或者治療效果差的患者，可選擇生物制劑或住院進行系統治療。