患者移植胚胎后，腹部兩側附件區疼痛，常見原因如下：1、生理性：如果患者腹部出現輕微針刺樣或痙攣樣疼痛，可能與胚胎著床有關，無需過于擔心，屬于正常現象。如果患者選擇新鮮周期胚胎移植方式，取卵后卵巢在恢復過程中，可能會出現輕微疼痛，若疼痛感沒有加重，且患者無其他特殊情況，數天后痛感可能會逐漸消失；2、病理性：如果患者出現高熱、寒戰，且伴有兩側附件區劇痛，甚至出現較明顯腹膜刺激征、按壓后疼痛加重等現象，應懷疑患者是否在取卵后出現繼發卵巢感染，建議及時到醫院就診，排除盆腔膿腫或急性盆腔炎發作的可能。