膠囊內鏡檢查的注意事項主要是腸道準備，膠囊內鏡檢查和其它內鏡檢查一樣，需要有清潔的腸道環境。膠囊內鏡相當于吃下去一個小攝像頭，在消化道內進行旅程，從口腔進入，在胃腸道內蠕動，每隔幾秒拍攝成像，通過消化道的照片分析患者有沒有疾病。 只有保持胃腸道清潔才能降低漏診率，否則攝像頭拍不清楚，因此檢查前要注意少渣飲食，再配合使用瀉藥，達到檢查時視野清晰，膠囊內鏡才能發揮作用。