膠囊內鏡的形態與平時吃的藥丸一樣，但較膠囊藥物略大，里面有電子攝像頭，患者可以像服用膠囊藥物一樣，經口腔咽入食管，膠囊內鏡會經過胃、小腸進入大腸，在流出過程中，膠囊內鏡的攝像頭會全程拍照，拍攝的照片會傳輸到體外接收器。 這種檢查主要適用于小腸疾病，而不適用于食管、胃、大腸疾病。因為這種膠囊不可控，攝像頭不能精準選擇部位，所以在食管腔、胃腔、還有大腸會遺漏較多疾病。 且這種檢查不能獲取組織，無法明確病變性質，存在一定缺陷性。但對于一些小腸出血性病、腫瘤性疾病有一定獨特優勢，因為胃鏡、腸鏡均無法準確達到患病部位，因此只能通過舒適的膠囊內鏡檢查，明確診斷。