纖維支氣管鏡是用個鏡子進到氣道里，而且主要是進到大的氣道里，如果只是觀察，不會傷及肺組織。但是通過纖維支氣管鏡，從里面取材出來，比如取點痰、取點組織、取點灌洗液，是會傷到一定的肺組織。但是不取材就沒有辦法達到診斷的目的，也沒有辦法判定是不是癌，而且這種影響不會對今后的日常生活造成損害。如果取材的標本比較大，通過經氣管鏡的組織活檢，有的可能引起氣管腔內的出血，也可能引起氣胸，但是發生的風險總體是相對可控。