纖維支氣管鏡可以檢查出的疾病很多，纖維支氣管鏡診斷疾病的方式具體如下：1、直視：通過纖維支氣管鏡的直視，可以看到氣管、支氣管，尤其是段、段以上的支氣管黏膜的改變，如果有新生物可以直接看到，可以肉眼觀察黏膜管腔是否有狹窄或分泌物，黏膜是否有充血、水腫、潰爛，以及是否有新生物，對診斷氣管、支氣管炎癥、非炎癥的疾病比較有效；2、活檢：通過纖維支氣管鏡看到氣管、支氣管，尤其是段、段以上的支氣管有新生物、膿液以及黏膜潰爛等改變，尤其是組織學的改變，可以通過局部的活檢來確診其性質。如果是惡性，組織學病理可以確診是哪一種支氣管肺癌，看不到的地方可以做盲目活檢。倘若在段、段以下某個部位，可以在X線的引導下做盲目活檢或組織學的檢查，進一步明確支氣管、肺部病灶的性質；3、灌洗、刷檢：感染性疾病可以通過刷檢找到致病菌，非感染性疾病通過灌洗、刷檢可以找到相應的細胞，得到組織學、細胞學、免疫組化、免疫指標等相關的證據。因此通過纖維支氣管鏡的直視、活檢、刷檢以及肺泡灌洗，可以診斷很多支氣管、肺部的炎癥和非炎癥的疾病。在非炎癥里疾病能診斷支氣管肺癌自身免疫系統的疾病及其它疾病，因此纖維支氣管鏡是呼吸系統鑒別診斷是非常有價值的一種檢查方法。