雙腎囊腫的治療要根據囊腫的具體情況，如果是單純性的囊腫，也要根據具體情況來決定。如果單純性囊腫要觀察腎囊腫的個數，如果單側的腎囊腫在3個以下，一般不需要治療，3個以上就要根據具體情況，來決定是否治療。另外，腎囊腫在5cm以下也不需要治療，5cm以上要給予特殊治療。還要觀察囊腫的生長傾向，如果向外生長一般不治療。如果向內生長就有可能會壓迫到腎臟的實質，引起腎臟的形態、功能改變，甚至導致腎功能不全、尿毒癥等，所以這種情況需要治療。雙側的腎囊腫還應該警惕多囊腎的可能，多囊腎和腎囊腫不太一樣。多囊腎的檢查主要是雙側腎臟有數不盡的小的囊泡，這種囊泡通常不斷生長，所以說此時要判斷是否是多囊腎。如果是多囊腎，治療就不一樣，因為多囊腎無法用外科性的方法去除囊腫，即便是去掉以后，下面的囊腫也會繼續長起來。