肛瘺內口不斷沿著直腸污染物進入瘺管，造成感染化膿，再加之瘺管彎曲、狹窄，肛周括約肌收縮，均可使膿液引流不暢，使感染沿著括約肌間隙不斷蔓延，再次形成膿腫。 膿腫破潰后可形成多個外瘺口，或在原來瘺口上再次破潰。所以對于的肛瘺患者的治療非常關鍵，只有在手術的情況下把瘺管徹底敞開，刮出瘀肉，才能使肛瘺患者徹底愈合。