非淋菌性尿道炎，目前主要治療用藥是抗菌素。非淋菌性尿道炎的病原微生物并不是普通細菌，而是特殊類型的病原微生物，常見為支原體和衣原體，因此在抗菌素選擇中，主要選擇針對支原體和衣原體的抗菌素。臨床推薦的應用藥物是左氧氟沙星、多西環素以及阿奇霉素，通常需要足劑量、足療程應用。非淋菌性尿道炎有一定性傳播風險，因此在生活中除要求患者多飲水、注意休息、避免勞累、暫停性生活、處理好隨身衣物以外，重要的是與性伴侶同時進行治療，從而達到治愈的目的。對于非淋菌性尿道炎的藥物治療，如果藥物選擇有效則可以達到治愈。治愈的臨床標準是臨床癥狀緩解，尿道無任何膿性分泌物存在，尿液檢查時不存在白細胞，以及進行尿液病原微生物檢測結果為陰性。