胃腸道所包含的疾病的種類和范圍相當廣泛，以胃為例，病變可以從黏膜層、黏膜下層、肌層進行分析，比如黏膜層病變，包括慢性胃炎、消化性潰瘍、胃癌。黏膜下層可能會出現黏膜下腫瘤，比如間質瘤、平滑肌瘤、淋巴瘤、神經鞘瘤等。胃向下走是小腸，小腸在消化道中發病率較低，但是也存在常見的疾病，比如麥克爾憩室，常會因出血作為首發癥狀就診。小腸的間質瘤、血管畸形以及下消化道的結腸也會存在多種疾病種類，比如結腸息肉、結腸腫瘤，包括結腸癌。還有炎癥性改變，比如急性胃腸道炎癥，腸道的特殊炎癥，比如潰瘍性結腸炎、克羅恩病、腸道結核、阿米巴原蟲病等。腸道也包括黏膜下病變，比如脂肪瘤、氣囊腫，還包括神經內分泌腫瘤等。因此胃腸道涵蓋的疾病范疇比較廣泛，可能是黏膜層來源，也可能是黏膜下層來源，可能是炎癥相關疾病，也可能是腫瘤相關疾病。