目前胃腸道身心疾病的發病機理不是特別清楚，可能跟心理因素、飲食、腸道感染、內臟感覺異常、胃腸動力變化以及遺傳因素、環境因素都有關系。現在醫學研究可以證明心理因素，特別是應激狀態下的胃腸動力和內臟感覺會發生變化，這方面的因素可能更多一點。所以心理因素、社會因素可能在胃腸道身心疾病中占有更重要的比重。現代醫學提出了腦腸軸的概念，腦就是腦子，腸就是腸道。腦腸軸，就是精神因素或者外界環境因素刺激，通過中樞神經系統作用于胃腸道系統、消化系統，造成內臟感覺、胃腸動力改變，導致胃腸身心疾病。