漱口水通常不建議長期使用，特別是醫用漱口水。因為漱口水的部分效成分主要是針對致病菌，抑制生長繁殖，達到治愈疾病的目的。口腔正常情況下是一個有菌環境，各種細菌達到動態平衡，若動態平衡被打破，可能導致疾病的發生。所以若長期使用針對某種細菌的漱口水，可能導致相抗衡的細菌生長繁殖，導致新的疾病發生。若長期使用漱口水，也可能導致其他的問題，如涎腺功能的抑制，即口水不能夠較好分泌。還可能導致色素沉著等，特別是對體弱的老人，妊娠期的女性及兒童，都不建議使用漱口水，即使使用漱口水也需到醫院，在醫生的指導下根據病情變化情況，指導使用漱口水的種類，以及使用時間。