一般肛瘺不需要做全結腸鏡檢查，因為在外面可以摸得很清楚，但是時間較長、超過15年以上的肛瘺大概有3%-5%惡變率。 對于上述特殊肛瘺，可能腸鏡檢查也有必要，如肛瘺下取病檢是肛瘺最常用檢查。可以做肛周360°超聲檢查，分析竇道情況，部分患者可以做肛門鏡檢查或者乙狀結腸檢查。 復雜肛瘺一般建議做核磁，可以清楚地看到竇道分布和周邊腸管的關系，竇道深度、長度以及竇道和肛管關系，對于手術非常有幫助。但復雜肛瘺治療應該是比較困難的過程，部分患者甚至于需要多次手術才可能得到治愈效果。 肛瘺患者除常規項目檢查之外，建議做肛周360°超聲；復雜肛瘺患者建議做肛周核磁甚至于竇道造影，上述檢查均是最常用檢查。