小兒室間隔增厚可以手術治療，但多數情況下，室間隔增厚無需手術。因為室間隔增厚對于兒童較為常見，引起小兒室間隔增厚的常見原因為小兒心肌炎，所以小兒室間隔肥厚無需手術治療，患兒注意休息，并給予營養心肌的藥物，促進炎癥恢復、水腫消退，即可達到治療目的。需手術治療的小兒室間隔肥厚多指肥厚型心肌病，且為梗阻性肥厚型心肌病。因肥厚性梗阻型心肌病如不進行手術會造成血液無法達到機體，導致患兒暈厥、心律失常，甚至猝死，此時可考慮手術治療，如介入消融治療、開胸手術等，但極為罕見、因為小兒肥厚心肌病發生率較低，而梗阻性肥厚性心肌病發生率則更低，因此小兒室間隔增厚進行手術的幾率非常低，多為一過性增厚，由于炎癥及水腫所導致。小兒室間隔增厚可以手術，但多數患兒無手術指征，僅需內科治療即可恢復。