室間隔增厚應根據病因選擇相應的藥物，具體如下：1、高血壓病：屬于導致心臟肥厚的最常見疾病，其中心臟肥厚以室間隔增厚為主，藥物治療過程中應首先選擇降壓藥物，通常優選RAAS抑制劑，包括ACEI類藥物和ARB類藥物。ACEI類藥物如培哚普利、賴諾普利、福辛普利等；ARB類藥物如厄貝沙坦、坎地沙坦等，患者還應合并使用利尿劑；2、家族性肥厚型心肌病：藥物治療上需應用RAAS抑制劑、β受體阻滯劑，定期體檢，密切監測室間隔肥厚程度，以防出現流出道梗阻。