做試管嬰兒所養成的胚胎進行胚胎移植，與自然懷孕時的胚胎形成正常的胚胎還是染色體異常的胚胎幾率一樣。試管的寶寶染色體也可能有問題，與自然懷孕一樣，絕大多數試管嬰兒的染色體均正常。做試管嬰兒時，只是取出來女性的卵子和男性的精子，實驗室用精子和卵子完成授精和胚胎的發育。等長到卵裂胚或囊胚的時候，選擇評分好的優質的胚胎來進行胚胎的種植，所以并沒有改變卵子和精子的染色體。在懷孕的過程中，這一對夫妻可能會遇到的染色體問題，在做試管嬰兒的時候也仍然會遇到。胚胎實驗室觀察不到胚胎的染色體是正常還是異常，只能通過外觀的評分系統來進行評分，評分高的并不一定染色體正常。評分只能說明發育潛能尚可，但不能保證100%都是染色體正常的胚胎。