口腔潰瘍長在牙齦根部需根據具體病情選擇合適的治療，具體治療如下：1、復發性口腔潰瘍：一般復發性口腔潰瘍可能長在牙齦根部，該位置也屬于移行溝，由于該處黏膜沒有較厚的角化層，所以較易受到刺激。牙齦上口腔潰瘍發作較少見，常見的是發生于頰黏膜。對于該處潰瘍，可涂抹藥物治療，如曲安奈德口腔膏，特別適合涂在牙齦溝部，因為藥物容易保持。而上牙的移行溝可能不易上藥，可選用漱口水進行治療；2、牙齒損害并引起竇道：部分患者將牙齒損壞引起的竇道當作潰瘍，其實不是潰瘍。由于牙上部壓力大，膿液從牙槽骨鉆眼流出，這種情況應及時治療牙齒。牙齦根部是竇道的好發部位，竇道一般疼痛不明顯，而潰瘍會引發疼痛，可前往醫院就診明確病因。