長期服用阿司匹林，會有消化道的癥狀，如噯氣、胃部脹痛不適。通常是因為阿司匹林抑制胃底黏膜系統，稱為COX(環氧化酶)，導致胃黏膜保護效力下降。部分嚴重的患者，會有消化道出血等問題。但目前大部分患者服用的是腸溶阿司匹林，對胃黏膜的刺激性較小。如果出現胃炎、胃潰瘍等情況，通常是因為患者合并幽門螺桿菌感染。既往有胃潰瘍、十二指腸球部潰瘍等消化道疾病，也容易導致患者出現阿司匹林不耐受的情況。對于這類患者，臨床上會預防性使用PPI制劑，即質子泵抑制劑，防止阿司匹林對胃黏膜的損傷。改用腸溶阿司匹林，也可以迅速減少長期服用阿司匹林后，對胃、消化道系統帶來的不良副作用。總體而言，服用阿司匹林對于冠心病、動脈粥樣硬化的患者，獲益大于胃腸道的不良反應。