同房后腎區疼痛，主要原因包括泌尿系統感染、腎臟疾病以及婦科疾病等，具體如下：1、泌尿系統感染：較常見，可表現為腰部的脹痛以及同房后腎區疼痛。同房是造成泌尿系感染的風險因素，在此風險因素影響下，若患者本身的免疫力低下，且沒有多喝水，則易發生泌尿系感染，導致同房后腎區疼痛；2、結石：較少見，若患者本身患有腎結石，且同房時運動較劇烈，可出現腎結石掉進輸尿管內，導致同側的腎區疼痛；3、婦科疾病：如黃體囊腫或其他疾病，亦可在同房后導致局部疼痛。