腎小球腎炎治療時可能會應用到免疫抑制劑，最常用的就是糖皮質激素。對于應用此類藥物的情況，不同的情況應用可能不一樣。絕大多數腎病綜合征，即尿蛋白＞3.5g/24h，低白蛋白血癥低于30g/L，排除其他禁忌證后，可以用糖皮質激素來進行治療。當然有些不是腎病綜合征表現的腎小球腎炎，如蛋白尿并不＞3.5g/24h，血中的白蛋白并不降低到30g/L。但是由于急性因素的存在，如肌酐升高，出現新月體腎炎、抗基底膜抗體陽性或者抗中性粒細胞胞漿抗體陽性的情況下，可以應用激素，特別是應用大劑量的甲基潑尼松龍(甲潑尼龍)來進行治療。因為這時病變處于活躍期，應用激素可以抑制免疫、抑制炎癥，使病變得到良好的控制，有利于疾病的恢復。絕大多數情況下腎病綜合征如果沒有炎癥、感染或者腫瘤以及高血糖、高血壓相對禁忌證外，需要應用免疫抑制劑，特別是糖皮質激素。有些類型例如膜性腎病、局灶性節段硬化性腎病或者膜增殖性腎病，單用糖皮質激素可能效果不理想，要加用另外一種免疫抑制劑，如環磷酰胺、他克莫司或者嗎替麥考酚酯等。