小兒心肌炎經過正規的治療和合理的休息，90%的孩子在經過半年以上或者數年的治療可以痊愈。但是部分孩子會進入慢性期，遷延不愈，臨床癥狀會反復出現，勞累或者呼吸道感染都會誘發癥狀加重。進入慢性期以后，心臟功能越來越弱，心臟收縮功能越來越低，就會出現慢性心力衰竭，經過數年的演變以后，心臟會擴大，即擴張性心肌病，這時預后很差，最后需要做心臟移植來糾正。預后好壞與感染病毒的種類有關，如果病毒毒性較大，預后就差。 新生兒如果感染病毒性心肌炎，死亡率會很高，可以達到50%，因為新生兒免疫力很低，病毒侵犯心臟以后，可以引起心肌大量壞死。如果出現心臟功能的下降，預后也是不好的。有的孩子會出現心律失常、各種早搏、各種心動過速，如果出現反復室性心動過速，預后也是不好的。