腔隙性腦梗死指顱內深部白質基底節區或者腦干白質區域，出現較小的局灶性腦壞死情況，主要是由于穿通動脈閉塞所致。腦血管是大血管，通常會沿著腦表面或者是顱底表面走行，而在血管走行過程中，不斷發出穿通動脈，深入腦實質內部并給腦深部細胞供血，并供給營養成分。在穿通動脈發生閉塞后，則可導致出現腔隙性腦梗死。通常腔隙性腦梗死引發腦細胞缺血壞死范圍或者體積比較小，在CT或者核磁共振上通常可以發現直徑在0.5-2cm的腦白質深部軟化灶。但目前也有研究發現，部分腦穿通動脈有分支發出，而如果這種大穿通動脈梗死，此時基底節區梗死范圍可能比較大，也屬于腔隙性腦梗死。