排斥反應可能會伴隨病人終生，雖然急性排斥反應已經過去，但不定期到醫院隨訪，還會發生慢性排斥反應，一旦發生慢性排斥反應處理就比較棘手。現在沒有藥物能解決慢性排斥反應，發生慢性排斥反應可能要做二次肝移植解決問題。慢性排斥反應最后也會導致肝功能衰竭，所以究竟過排斥期的時間不確定。肝移植病人要定期到醫院隨訪，發現有肝功能異常能馬上處理，也可以及時發現問題如排異、抗排斥藥物濃度低或其他因素造成。