骨結核的疼痛有很多的原因，因為結核菌可能會破壞骨質，結核菌有可能會引起關節滑膜炎癥，引起局部膿液聚積。骨強度下降可能讓病人在活動的時候引起微骨折，可能會引起疼痛。此外，關節結核的炎性因子滲出，會刺激滑膜引起關節疼痛。結核的膿液在骨內聚積，使骨內壓力增高，病人也會有疼痛癥狀，這些都是骨結核引起疼痛的比較常見的原因。 如果為脊柱骨結核的疼痛，最常見的原因是結核破壞骨之后，脊柱不牢固，無法支撐人體的重量。人在起床活動時，會引起活動性疼痛，臥床之后，疼痛又會逐漸緩解或消失。脊柱穩定性不足，也是骨結核引起局部疼痛比較常見的原因。脊柱結核會引起神經壓迫，引起放射性疼痛，導致病變部位神經所支配的肢體疼痛，屬于局部膿液引起，也需要通過手術放膿，緩解癥狀。