骨結核發病過程分為兩種： 1、原發灶結核分枝桿菌通過血或淋巴途徑形成大量結核分枝桿菌栓子，栓子隨血液循環至全身組織，在正常機體免疫力作用下多數微小病灶被清除，少數未被清除的結核分枝桿菌栓子，停留在血流緩慢的微小終末動脈處，進行局部繁殖并形成微小靜止病灶，機體免疫力下降后，靜止病灶重新活躍引起局部癥狀； 2、少數患者存在原發于淋巴結、胸膜等部位的病變，結核性膿腫直接蔓延到骨與關節，導致骨結核發生。 骨結核是一種由T細胞所介導的遲發性超敏反應。結核分枝桿菌入侵人體后在一定條件下，巨噬細胞將含有結核分枝桿菌的吞噬體傳遞至溶酶體，借助溶酶體的多種酶對其殺傷，一系列的機制使吞噬細胞提高自身凋亡水平對病原菌進行清除，同時通過抗原呈遞細胞進一步增強巨噬細胞功能。 決定感染最終結果的關鍵是結核分枝桿菌與宿主免疫系統的相互作用水平，存在以下三種結果，包括結核分枝桿菌被免疫應答殺滅、10%宿主在一定時間內發展成為活動型肺結核和其它結核病、90%宿主成為潛伏感染者。影響相互作用的因素包括結核分枝桿菌菌量、細菌毒力和宿主免疫力、局部解剖結構以及免疫抑制劑使用不當。