深牙周袋內壁化膿性炎癥向深部結締組織擴散，而膿液不能向袋內排出時，即形成袋壁軟組織內膿腫。迂回曲折涉及多個牙面的復雜型深牙周袋，膿性滲出物不能順利引流，特別是累及根分叉區時；牙周潔治或齦下刮治動作粗暴不規范，將牙石碎片推入牙周袋深部組織或損傷牙齦；深牙周袋刮治不徹底，袋口雖然收緊但袋底處的炎癥仍然存在，并且得不到引流；有牙周炎的患牙或無牙周袋的牙齒遭受創傷，或牙髓治療時根管及髓室底側穿、牙根縱裂等，有時也引起牙周膿腫。此外，機體抵抗力下降或有嚴重全身疾病如糖尿病患者易發生牙周膿腫。