導致心源性腦梗死的原因較多，主要包括房顫、卵圓孔未閉等。心源性腦梗死指經過患者的心臟產生栓子，隨后栓子脫落并掉入腦部，阻擋血管內的血液流動而形成局部梗死。房顫指由于心房混亂而導致患者心律不齊，使局部血液形成湍流并損傷心臟內膜，出現血小板、紅細胞沉積于局部并被纖維素原包裹而形成血栓，通常位于心耳部位。當患者的心臟出現異常搏動時，栓子會脫落并依次進入主動脈、腦血管及腦部，可能會導致患者出現大梗塞或多發性梗塞。而危害較大的心源性血栓，如心肌梗死后出現附壁血栓、二尖瓣狹窄或瓣膜病引起非瓣膜血栓，或由于感染性心內膜炎引起感染性血栓等，可以導致患者出現梗死。此外，若患者的腿部或腳部產生血栓，經過未閉合的卵圓孔進入患者的左心房、左心室再進入頭部，可能會引起腦梗死。